Diez años después de la devastación causada por la Cuarta Guerra del Santo Grial en la ciudad de Fuyuki, inicia un nuevo conflicto entre hechiceros y sus Servants. Shirou Emiya, un joven que aspira a ser un héroe de la justicia, decide participar para proteger a su entorno. Sin embargo, cuando una misteriosa Sombra comienza a deambular por las noches cobran…