Conan, junto con Ran, Ayumi, Mitsuhiko y Genta acompañan a Kogoro en el tren bala para ir a la boda de un amigo en Kyoto. En el viaje se encuentran con dos hombres sospechosos, que hacen una transacción ilegal con un contacto. Dentro del maletín que le entregan hay una bomba. Conan deberá descubrir la identidad del contacto y detener la explosión de la bomb…