La película tiene lugar un año después de los acontecimientos de la serie de anime. Después de pasar por un camino arduo a través de múltiples líneas de tiempo debido a la invención de los "D-Mails", es decir, los mensajes de texto que se pueden enviar al pasado, Rintaro Okabe ha aterrizado, según las informaciones de la "Steins Gate", en una línea de tiemp…