La serie relata la historia en alguna ciudad de Japón de Okazaki. Tomoya, un melancólico estudiante de tercero al que la suerte, desgraciadamente, no le sonríe: su madre murió cuando él era joven, dejando así su custodia a Naoyuki, su padre, quien al verse afectado por esta trágica pérdida acaba hundido en el juego y el alcohol. Su vida dará un tremendo giro cuando una mañana de camino a la escuela conoce a Furukawa Nagisa, una enigmática muchacha con cualidades algo fuera de lo corriente y que cambiará su manera de ver el mundo. Comenzará una amistad entre ambos. Aparecerán nuevos compañeros, nuevas situaciones, nuevos desafíos, momentos tristes y alegres, y juntos vivirán unas experiencias tan extrañas e insólitas que les hará entender la fortaleza y fragilidad de la vida.