Shirou Emiya se convierte en un participante involuntario de la Quinta Guerra del Santo Grial, un combate a muerte en el que siete hechiceros invocan a Espíritus Heroicos conocidos como Servants para disputarse un artefacto capaz de conceder cualquier deseo. Sin entrenamiento formal en la hechicería ni conocimientos del ritual, Shirou y su Servant, Saber, forman una alianza temporal con la talentosa Rin Tohsaka. Sin embargo, la tensión no tarda en surgir entre Shirou y Archer, el Servant de Rin, quien manifiesta un profundo y despiadado desprecio hacia los ideales de justicia del joven.