Al ser solo un estudiante normal sin un talento especial, Makoto Naegi gana una lotería para asistir a la prestigiosa Academia Hope's Peak, donde solo asisten los mejores prodigios. Sin embargo, en lugar de ser el comienzo de una maravillosa vida en la escuela secundaria, es un boleto a la desesperación, porque la única forma de graduarse de Hope's Peak Academy es matar a uno de tus compañeros o ser una de sus víctimas.